Şayet, İzmit ve civarında oturuyorsanız ve Osmanlı eserlerinden, tıpkı Sultan Ahmet Camii gibi bir şaheseri, bir arada görmek isterseniz, Gebze' deki Çoban Mustafa Paşa Külliyesi bunun için en güzel bir tercih olsa gerek. Etrafını çeviren taş avlusuna, herhangi bir girişinden girdikten sonra kendinizi 15. ile 16. Yüzyıl Osmanlı döneminde hissedebilirsiniz. Cami, han, tabhane, paşa odaları, hanikah, imaret, medrese, kütüphane, hamam ve türbeden meydana gelen Çoban Mustafa Paşa Külliyesi, Gebze' nin kuzeybatısına hakim olan bir tepe üzerinde yer alır. Büyük ve görkemli bu mimari manzume, Mimar Sinan'nın eserlerinden birisidir. Tek parsel üzerinde yerleştirilmiş olan yapının ana birimleri ise şunlan: Cami, Türbe, Güneş Saati, Şadırvan, Kervansaray, Tekke, Semahane, Misafirhane, Medrese, İmaret, Tabhane ve Kütüphane.Tarihi yapının bölümleriCami, kuzeygüney ekseni üzerinde merkezî yerde bulunmaktadır. Kuzeyinde şadırvan, güneyinde türbe bulunmaktadır. Cami, Çoban Mustafa Paşa Külliyesi'nin merkezini oluşturmaktadır ve tek kubbelidir. Türbe ve Güneş SaatiÇoban Mustafa Paşa öldükten sonra buraya defnedilmiştir. Caminin kıble tarafında yer almaktadır. Şadırvan, Cami avlusunun ortasında yer alırken; mermerden yapılmış olan Güneş saati, türbe avlusunun içinde yer almaktadır.Kervansaray Külliyenin kuzeyinde yer alır. İki bölüm halinde yer alan kervansarayın giriş kısmı bu bölümlerin tam ortasındadır. Kuzeydeki yoldan bir kapı ile tek kubbeli bir antreye geçilir. Sağ ve sol tarafta karşılıklı iki kapı yandaki iki ahıra açılır. Merdivenin üst tarafında yer alan kapı ise cami avlusuna çıkar. Giriş bölümünde iki yanda yer alan birer ocaklı oturma sekileri ise seyis ve görevlilerin dinlenmeleri için oluşturulmuştur.Tekke ve SemahaneTekke küçük bir avlunun üç kenarına yerleştirilmiş ocaklı 12 oda ile bu avludan ayrı bir kapı ile geçilen daha küçük bir avlu ve semahane yapısından oluşmaktadır. Misafirhane Yolcuların konaklaması amacı ile işlev görür. Cami avlusunun doğu kenarını oluşturan yapı gruplarının ortasında yer almaktadır. Medrese ve imaretKülliyenin güneydoğu köşesinde yer alır. Kuzeyinde, medresenin helaları ve misafirhane vardır. Batısında cami avlusunda geçişi sağlayan geçit vardır. Doğu ve güney tarafında ise yol vardır. Üstü kiremit örtülü olup, kirpi saçakları, oldukça yüksek duvarları vardır. Yoksulları ve kimsesizleri doyurma amacını güden imaret, türbe avlusunun batı kısmında uzunlamasına yer almaktadır. TabhaneCami avlusunun kuzeybatı köşesinde yer alır ve biçim 'L' harfine benzer. Altı oda, iki eyvan ve helalar grubundan oluşur. Ahşap evKülliyenin doğu köşesinde sonradan cami kandilcisi için yapılmış olduğu sanılan bu muhdes ev, tamamen külliyenin alanı içinde yer almaktadır. Kütüphane Külliyenin batı yönünde yer alan yapıların ortasında, cami avlusunun ana kapısı üzerinde mükemmel bir yapıdır.