Guantanamo üssünün bağlı olduğu Amerikan Güney Komutanlığı tarafından yapılan soruşturmada, Müslüman mahkumların kaldığı Guantanamo'da muhafızların Kuran-ı Kerim'e idrar sıçrattığının, kitabı tekmelediğinin, üstüne bastığının ve suyla ıslattığının belirlendiği kaydedildi.Guantanamo Komutanı Tuğgeneral Jay Hood'un başkanlığında yapılan soruşturmada, ilk kez üsteki Amerikalı personel tarafından Kuran-ı Kerim'e hakaret edildiğine ilişkin 5 olayın ortaya çıkarıldığı bildirildi.Soruşturma raporuna göre, Ağustos 2003'te meydana gelen olayda da, bir tutuklu kutsal kitabın içine İngilizce bir hakaret yazıldığı şikayetinde bulundu. Raporda ayrıca, Amerikalı bir muhafızın tuvaletini yaparken, rüzgar nedeniyle Kuran-ı Kerim ve tutuklaya idrar sıçradığı ileri sürüldü.Pentagon'un kutsal kitaba hakaret edildiğine ilişkin iddiaları araştırması için görevlendirdiği Hood, geçen ay soruşturmasını tamamlamıştı.İlk kez Amerikan Newsweek dergisinde yer alan Kuran-ı Kerim'e hakaret haberinden sonra Afganistan'da başlayan protesto gösterilerinde 16 kişi ölmüş, gösteriler daha sonra başta Pakistan olmak üzere çok sayıda Müslüman ülkeye yayılmıştı.Newsweek, daha sonra yeterli kanıt olmadan yayımladığını belirttiği haberini geri çekmişti.