Müslümanlar sözkonusu olduğunda laiklik konusunda hassasiyet gösteren ancak Sezer'in Katoliklerin lideri Papa 16. Benediktus'u Türkiye'ye davet etmesi çelişkili bulundu. Sezer, sırf başörtüsü taktığı gerekçesiyle Afganistan Devlet Başkanı Karzai'yi Ankara'ya eşsiz davet etmişti. Oysa Cumhurbaşkanı, Çankaya Köşkü'nde verdiği Cumhuriyet Bayramı resepsiyonlarına Patrik Bartholomeos ve Hahambaşı'nın 'dini kisveleri' ile gelmesini sorun yapmıyor. Benzer bir uygulamayı milletvekillerine karşı da sürdüren Sezer, 29 Ekim 2004'te Anıtkabir'deki Cumhuriyet Bayramı töreninde Ramazan olmasına aldırmayarak, kameraların önünde 'su' içmişti.